ต้นกำเนิดของโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์ เกิดขึ้นจากวิสัยทัศน์ของบุคคลสำคัญ ๆ ในท้องถิ่นย่านวัดสิงห์ อำเภอบางขุนเทียน โดยท่านพระครูอุดมสิกขกิจ (พระครูฉ่อง นิลจาด) เจ้าอาวาสวัดสิงห์ และผู้นำชุมชนเห็นว่า ในยุคนั้น (ก่อนปี 2496) ท้องที่อำเภอบางขุนเทียน มีโรงเรียนมัธยมของรัฐเพียงแห่งเดียวคือ โรงเรียนวัดราชโอรส และรับเฉพาะเด็กชายเท่านั้น จึงต้องการให้มีโรงเรียนของรัฐเพิ่มขึ้นอีก เพื่อรองรับจำนวนเด็กที่เริ่มมีมากขึ้นโดยเฉพาะอย่างยิ่งเพื่อให้เด็กผู้หญิงมีที่เรียนใกล้บ้าน จึงเสนอแนวคิดนี้ไปยังกรมวิสามัญศึกษา โดยมอบให้ นายไข่ บุนปาน ศึกษาธิการอำเภอ เป็นผู้ดำเนินการประสานงาน ต่อมา กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนวัดสิงห์ (ว.ส.) ขึ้น เมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2496 และแต่งตั้ง นายหงิม เกบไว้ ข้าราชการครูโรงเรียน วัดราชโอรส มาดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่ จัดเป็นโรงเรียนมัธยม ประเภทสหศึกษา ตั้งอยู่ในตำบลบางขุนเทียน อำเภอบางขุนเทียน จัดการศึกษาระดับชั้นมัธยมปีที่ 1 – ปีที่ 6 เปิดทำการสอนวันแรก เมื่อวันจันทร์ที่ 18 พฤษภาคม 2496 ในระดับชั้นมัธยมปีที่ 1 จำนวน 1 ห้องเรียน มีนักเรียน 47 คน ครู 4 คน โดยอาศัยศาลาการเปรียญของวัดสิงห์ เป็นที่เรียน เมื่อวัดสิงห์ให้เช่าที่ดิน 6 ไร่ จึงเริ่มก่อสร้างอาคารเรียนหลังแรกเสร็จสมบูรณ์ในปี 2497 นักเรียนจึงเข้ามาเรียนในโรงเรียน ต่อมาวัดสิงห์ให้เช่าที่ดินเพิ่มอีก 16 ไร่เศษๆ และกรมธนารักษ์ยกที่ราชพัสดุให้ 12 ไร่ เศษๆ จึงรวมเนื้อที่ทั้งหมดโดยประมาณ 35 ไร่ สภาพแวดล้อมรอบโรงเรียนแน่นขนัดไปด้วยเรือกสวนผลไม้ การเดินทางมาโรงเรียน มี 3 เส้นทาง คือ โดยสารรถไฟสายคลองสาน – มหาชัย โดยสารเรือ หรือ เดินมา ภายหลังเมื่อเกิดการตัดถนนเอกชัย จึงเพิ่มการเดินทางด้วยรถยนต์ รถเมล์ ขึ้นอีกเส้นทางหนึ่ง ซึ่งทำให้การคมนาคมสะดวกยิ่งขึ้น ทั้งเป็นเหตุให้ทิศทางหลักของการเข้าสู่โรงเรียนจากทางสถานีรถไฟวัดสิงห์ ซึ่งเคยเป็นหน้าโรงเรียน ได้เปลี่ยนไปเป็นด้านถนนเอกชัยแทน นับตั้งแต่เริ่มก่อตั้งโรงเรียนเป็นต้นมา โรงเรียนมีการเปลี่ยนแปลง และ การพัฒนาที่สำคัญ โดยสรุป ดังนี้
- พ.ศ. 2502 ได้รับอนุมัติให้จัดการเรียนการสอนในระดับ ม.7 - ม.8 แผนกวิทยาศาสตร์ และ อักษรศาสตร์ (ชั้นเตรียมอุดมศึกษา)
- พ.ศ. 2514 โรงเรียนเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนสิงหราชพิทยาคม” (ส.พ.) และเปลี่ยนสังกัด จากกรมวิสามัญศึกษา เป็น กรมสามัญศึกษา
- พ.ศ. 2518 ได้รับการประกาศให้เป็นโรงเรียนชั้นพิเศษ
- พ.ศ. 2538 โรงเรียนเปลี่ยนชื่ออีกครั้งหนึ่ง เป็น “โรงเรียนมัธยมวัดสิงห์” (ม.ว.ส.)
- พ.ศ. 2542 ได้รับรางวัลโรงเรียนดีเด่นของกรมสามัญศึกษา
- พ.ศ. 2546 ได้รับอนุมัติให้เปิดหลักสูตรห้องเรียนพิเศษ Mini English Program และโรงเรียนเปลี่ยนสังกัดจากกรมสามัญศึกษา เป็น สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
- พ.ศ. 2547 ปรับหลักสูตร จาก Mini English Program เป็น English Program
- พ.ศ. 2550 ได้รับอนุมัติให้เปิดหลักสูตรห้องเรียนพิเศษ ความเป็นเลิศ ด้านวิทยาศาสตร์ - คณิตศาสตร์ -ภาษาอังกฤษ (GEP:SME)
ปัจจุบันโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์ ตั้งอยู่เลขที่ 35 ก หมู่ 3 ถนนเอกชัย แขวงบางขุนเทียน เขตจอมทอง กรุงเทพมหานคร 10150 สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษากรุงเทพมหานคร เขต 1 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ จัดการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 – ปีที่ 6 จากอดีตจนถึงปัจจุบัน ด้วยพัฒนาการที่ดำเนินมาอย่างไม่หยุดยั้ง ตลอดจนการกำหนดกลยุทธ์ในการบริหารจัดการศึกษาให้ทันต่อการเปลี่ยนแปลงตามบริบทของยุคสมัย ส่งผลให้โรงเรียนมัธยมวัดสิงห์มีความพร้อมทุก ๆ ด้านในอันที่จะพัฒนาเสริมสร้างนักเรียนทั้งด้านสติปัญญา ความรู้ ทักษะความสามารถ และคุณธรรม จริยธรรม อย่างสมบูรณ์ โรงเรียนมัธยมวัดสิงห์ จึงเป็นโรงเรียนที่ได้รับความนิยมสูงโรงเรียนหนึ่งในฝั่งธนบุรี
ความเจริญก้าวหน้าของโรงเรียนนอกจากจะเกิดจากการบริหารจัดการของผู้บริหารโรงเรียน และคณะครูแล้ว ส่วนหนึ่งเป็นเพราะโรงเรียนได้รับความร่วมมือสนับสนุนจากองค์กรที่เกี่ยวข้อง รวม 7 องค์กร ได้แก่
1) วัดสิงห์ ถือเป็นผู้มีอุปการคุณต่อโรงเรียน
2) คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์
3) สมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์
4) มูลนิธิมัธยมวัดสิงห์ ดูแลช่วยเหลือด้านการจัดหาทุนการศึกษา
5) เครือข่ายผู้ปกครองโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์
6) สมาคมศิษย์เก่ามัธยมวัดสิงห์
7) ชมรมครูโรงเรียนมัธยมวัดสิงห์

